Quatre étapes majeures jalonnent l’histoire de l’édifice.

Les deux premières concernent, l’une, la fondation et la construction de l’église ou chapelle, l’autre, la construction du château ou logis. Elles sont analysées à partir des documents provenant des Archives départementales de Toulouse. Toutefois, une étude des caractéristiques architecturales des deux parties de la commanderie et le fait qu’en 1860 le mur nord de l’église ait conservé une fenêtre romane et ses contreforts extérieurs permettent d’établir que l’église fut élevée plus d’un siècle avant le château.

Quoique nous ne connaissions pas la date exacte de sa fondation, Sallebruneau appartient avant le XIIIe siècle à la seigneurie de Benauges. La commanderie jouit d’une importance locale prépondérante. Elle possède de nombreux biens dans le diocèse de Bazas, notamment la commanderie de Montarouch, le moulin fortifié de Cavignas, l’église du Puch, le maine de Guiton.
En 1244, en marge d’un acte de fief le nom de Salabrunel est mentionné sur un morceau de parchemin presque effacé…
En 1280, Jean de Grailly, seigneur de Benauges et de Castillon, lègue après sa mort, les biens de Sallebruneau et le droit de justice à l’Ordre de Saint-Jean de Jérusalem.
En 1297, la commanderie s’agrandit par suite de libéralités de voisins : les terres du Puch, le moulin de Frontenac.
Abandonnés par les riches seigneurs partis en pèlerinage, le nombre de pauvres augmente chaque jour.
De nombreuses bandes de routiers dévastent le pays, tuant les habitants, pillant les récoltes, incendiant les maisons qui se trouvent sur leur chemin. Outre son rôle d’accueil et d’assistance, elle doit, de plus, gérer les biens de la communauté (récolte et argent) et former les convois en direction de la Terre Sainte. L’importance de la commanderie ainsi que l’insécurité du moment amènent l’Ordre à fortifier l’édifice. Une partie fortifiée est accolée à l’église et un large fossé entoure probablement le tout, peut-être plus pour affirmer la puissance de l’Ordre que pour protéger les biens de celui-ci.
Le 13 octobre 1307, arrestation en France de tous les templiers et confiscation de leurs biens. Leurs biens sont alloués aux hospitaliers contre une lourde redevance. De nombreux conflits vont naître suite à cet héritage avec les différents voisins de Sallebruneau.
Au fil des années et des donations, l’importance de la commanderie s’accrut, elle possédait des dépendances (Buch, Saint-Sulpice, …).
A la fin de la guerre de Cent-Ans, Sallebruneau a ses terres ravagées à plusieurs reprises, ses propriétés usurpées.
En 1477, de vils agissements, fréquents et nombreux, toujours de la part des seigneurs de Rauzan ont lieu à l’encontre de Sallebruneau : dévastation des terres, vol du bétail, enlèvement des vassaux du commandeur, et ce jusqu’à la fin du XVIe siècle.

Les deux autres étapes correspondent au démantèlement du château et à l’abandon de l’église. Il est très probable que les troubles liés aux Guerres de Religion, particulièrement au cours des années 1574-1575, ont amené la ruine du château puisque les rapports des visites au XVIIIe siècle montrent que cette partie de la commanderie était délabrée. L’un d’eux précise même que dans le logis ne subsistent que « les masures d’un ancien château seigneurial qui fut détruit par les guerres civiles ».

Pendant les guerres de Religion le lieu de Sallebruneau est pris et dévasté. Le commandeur ne réside plus à Sallebruneau, la plus puissante des commanderies de la région mais à Bordeaux. Seuls y demeurent les prêtres, les serveurs, les fermiers.
En 1789, l’Assemblée Constituante vote la confiscation des biens du clergé. L’Ordre de Malte perd toutes ses commanderies, maisons et possessions de France. Les biens sont vendus à des particuliers. L’église est achetée par la commune de Sallebruneau et le château par un propriétaire privé.
1813, la commune de Sainte-Présentine est rattachée à celle de Sallebruneau. L’église est abandonnée à la fin du siècle dernier au profit de la petite chapelle de Sainte-Présentine mieux adaptée à la population réduite du village de Sallebruneau.
1837, suite à un orage, la toiture s’effondre.
1936, les fonds baptismaux, classés monuments historiques, sont déplacés à Sainte-Présentine, le gisant à l’église de Frontenac et le bénitier pour une destination inconnue à ce jour
1965, la commune de Sallebruneau est rattachée à celle de Frontenac.
1987, inscription de l’édifice sur la liste supplémentaire de l’Inventaire des Monuments Historiques.
Juillet 1974, l’Association Les Recherches Archéologiques Girondines, après avoir sauvé de l’oubli et de l’indifférence le château de Rauzan ; décide de sauver cet édifice totalement à l’abandon en effectuant des travaux de restauration, notamment par l’organisation de chantiers estivaux de bénévoles, sensibilisant les autorités compétentes sur le caractère remarquable de ce site de l’Entre-deux-Mers.
Décembre 1987, inscription en totalité sur l’inventaire des monuments historiques des vestiges.
Juillet 2005, acquisition du site par la commune de Frontenac avec le concours financier du Conseil Général de la Gironde.
Juillet 2008, les fonds baptismaux quittent la chapelle Sainte-Présentine pour retrouver sa place initiale à Sallebruneau.